Aunque nacido en Zarauz (Guipúzcoa), se crió en Madrid, donde estudió Filosofía y Letras hasta el tercer curso, cuando decidió dedicarse al cine, teatro y televisión. A los 20 años de edad ya había escrito, dirigido o producido casi cincuenta títulos para el medio televisivo, como «La doncella del mar», «Los tres pelos del Diablo» y «El Mago de Oz», textos que formaron su primer largometraje «Fantasía» (1966). Intentó ingresar en la Escuela Oficial de Cinematografía, pero no lo aceptaron por no contar con la edad mínima requerida. Estudió cine en París en el IDHEC. Trabajó como guionista de televisión y, tras algunos trabajos en 8 mm, debutó en el largometraje con Fantasía 3 (1966). Después rodó Algo amargo en la boca (1969), que tropezó con la censura franquista dada su militancia en el Partido Comunista de España, problemas que le acompañaron además por el carácter profundamente provocador y revulsivo de su cine, de sesgo existencial y pleno de denuncia social y política. Alcanzó el éxito comercial con la película Techo de cristal (1971); hizo después Cuadrilátero (1970). Se acercó después al cine de terror, despreciando los amaneramientos y academicismos estilísticos y estructurales: La semana del asesino (1972), Nadie oyó gritar (1973), Una gota de sangre para morir amando (1973), ficción científica deudora de La naranja mecánica de Stanley Kubrick y conocida como «la mandarina mecánica», y Juegos de amor prohibido (1975), donde narra cómo un profesor humilla a una pareja de alumnos. Posteriormente aborda la problemática sexual y homosexual en filmes como La otra alcoba (1976) y La criatura (1977), cuyo asunto es una mujer con relaciones zoofílicas, denunciando la frustración sexual y el fracaso del matrimonio y la familia tradicional. Siguió con esta temática en Los placeres ocultos (1977), historia de un homosexual enamorado de un muchacho. En los años ochenta extiende estos temas al mundo de la marginación, la delincuencia juvenil y las drogas. A esta época pertenecen Navajeros (1980), Colegas, (1982), tal vez su mejor película, El pico (1983) y El pico 2 (1984), que se convirtieron en auténticos éxitos de taquilla y despertaron el malhumor e incomprensión de los críticos. Siguió con su temática habitual en El sacerdote (1978), El diputado (1978) -sobre un político homosexual y que tuvo un gran éxito en Estados Unidos- y Miedo a salir de noche (1979). Esta última cinta, en una época marcada por la inseguridad ciudadana, difundió lo que acabó convirtiéndose en una leyenda urbana sobre una violenta banda de violadores. En 1985 se apartó de esta temática para dirigir Otra vuelta de tuerca, adaptación de la novela de fantasmas de Henry James, y volvió al tema de la delincuencia callejera en La estanquera de Vallecas, sobre la obra teatral homónima de José Luis Alonso de Santos (1987), que también fue un éxito. Sin embargo Eloy de la Iglesia cayó en una sequía creativa en los años siguientes a causa de su adicción a las drogas (empezó a consumir heroína en 1983); logró desintoxicarse, sin embargo, en 1992; dejó de creer en el comunismo y se desengañó de dogmatismos ideológicos; un homenaje del Festival de Donostia reavivó su deseo de volver a dirigir, tras 16 años en dique seco, y estrenó un nuevo filme, Los novios búlgaros (2003), una historia de amor homosexual cuya carga social tiene en este caso por ambiente el mundo de la emigración y se inspira en la novela homónima de Eduardo Mendicutti. Dirigió, asimismo, el Calígula de Albert Camus para televisión. El director vasco debutó como actor de manera tardía en la ópera prima de J. A. Durán Mi último silencio (2002), un melodrama con toques de cine policiaco donde encarnaba al padre de la protagonista, una joven que decide abandonar la banda criminal de la que forma parte para intentar empezar una nueva vida en un pueblo localizado en la costa.
Amante del discurso directo y de estética naturalista, hizo protagonistas de sus trabajos a chicos de la calle reclutados en castings nada académicos en las afueras y en la frontera misma de la delincuencia: José Luis Fernández Eguia "El Pirri", José Luis Manzano, y una excepción, Antonio Flores, la mayoría fallecidos por sobredosis al cabo de cierto tiempo. La obra de Eloy de la Iglesia es muy personal, disidente, transgresora, provocadora y llena de fuerza; inspira en parte la de Pedro Almodóvar, cuyo mundo se mueve en órbita próxima a la suya. Su cine posee puntos de contacto con el de Pier Paolo Pasolini (inspecciona el mundo del subproletariado y del lumpen como el director italiano) y Rainer Werner Fassbinder, al que aporta un elemento castizo y una violencia esencial en contenido y forma. Conmocionó la época de la Transición española con sus taquilleras historias de estilo tremendista que destemplaron a críticos (alguno de los cuales calificó sus películas de groserías fílmicas) y biempensantes. Falleció el día 23 de marzo de 2006, tras una operación de cáncer de riñón que teóricamente había sido un éxito clínico.
De la Iglesia es célebre por haber retratado la marginalidad y el mundo de las drogas que en los años 80 se vivía en muchas ciudades españolas y experimentó en carne propia. Parte de su obra está muy relacionada con el fenómeno conocido popularmente en España como cine quinqui, dada su aportación a este género cinematográfico con varias películas. En sus buenas y malas películas hay un ejemplo de compromiso con la realidad inmediata, gran honestidad y riesgo, frente al conformista panorama de la mayoría del cine de su tiempo. Fuera de sus discutibles méritos estéticos, lo cierto es que su cine conserva un gran valor documental como fiel reflejo del tiempo que él vivió, especialmente de la marginalidad española de finales de los años setenta y principios de los ochenta, y posee el sello de una fuerte personalidad
